初心在方寸 沉淀炼本事 | 纳昂达 NEXome Core Panel 惊喜登场！

2021-11-15
南方医学网讯：近日，纳昂达（南京）生物科技有限公司（以下简称“纳昂达”）正式发布全新自主研发的全外显子基因检测组套NEXome Core Panel，并同时公布了详细数据。

全外显子组测序一直以来都是最为广泛的NGS技术之一。人类外显子组占基因组不到2%，却包含了约85%的已知与疾病相关的突变。不仅如此，外显子组分布于整个基因组，还覆盖数万个高频SNP位点和近2万个微卫星位点。因此，全外显子组测序（WES）不仅被应用于遗传病筛查、肿瘤突变负荷等序列变异的分析，也被应用于拷贝数变异、同源重组修复缺陷检测等结构变异分析和微卫星不稳定分析等。


01 设计特点


NEXome Core Panel（以下简称“NEXome”）的靶区选取主要基于最新版本Refseq（109，2021）和CCDS数据库；同时也精心挑选了一些值得关注的区域，如近240个非编码基因；另外，基于产品延续性考虑，纳昂达保留了部分最新版数据库中删去的争议区域。NEXome包含约40万条单独合成、单独质控的单链DNA探针，靶向34.7 Mb基因组区域（19,613基因）。作为一款核心全外显子Panel，可与不同的子Panel组合搭配，满足不同的应用需求。


NEXome基于人类参考基因组hg38版本设计，也同步提供基于hg19的bed文件，以协助用户转换衔接。当以不同版本基因组进行杂交捕获数据质控，各参数表现基本一致。纳昂达对由hg38转换得到的hg19区间进行了人工校正，防止出现例如图1中所示的异常区域。


图1. NEXome Core Panel提供的hg19区间经过了人工校正。同类产品提供的由hg38转换而来的hg19靶区包含异常区域，此处可见超过50 kb的区间（红色）并非存在真实覆盖的靶区。


02 捕获表现


由于NEXome探针设计较好地适应了测序平台间不同的GC偏好模式，可以更好地利用各个平台的优势（如MGI平台的低重复率特性）。因此，无论是在Illumina测序平台，还是MGI测序平台，均有优异的捕获表现。

A. 捕获数据比对率和捕获效率

B. 靶区域覆盖度

C. 覆盖均一性和一致性

D. GC偏好性

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图2. NEXome Core Panel对不同 gDNA 文库的捕获表现。A. 捕获数据比对率和捕获效率；B. 靶区域覆盖度，C. 覆盖均一性和一致性。D. GC偏好性。利用 NadPrep®文库构建系列试剂盒建库，以NEXome Core Panel（6-plex）完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组hg38，按照 reads 数计算。测序平台：Illumina Novaseq 6000，PE150；DNBSEQ-T7，PE150。

注：人类男性基因组 DNA（Promega-male, G1471）；人类女性基因组 DNA（Promega-Female, G1521）。


03 产品优势


数据利用效率


NEXome探针设计从捕获效率、探针覆盖区域利用效率、靶区覆盖均一性等多方面进行深入打磨，极大地提升了测序数据利用效率：

首先，结合纳昂达专利的探针风险评估流程，纳昂达在设计层面降低风险探针，从而有效控制脱靶效应，中靶率可达93%以上，这是NEXome高数据利用率的基础（图3 A）。

其次，结合纳昂达多年打磨的XCapert探针设计方案，将探针覆盖区域的利用率进一步提升，每百万读对（M read pair）可获得约4.85x靶区平均覆盖深度，即16.8x/Gb数据（图3 B)。

另一方面，NEXome覆盖均一性也有优秀的表现，Fold 80<1.5（图3 C）。纳昂达并未因为追求整体覆盖均一性参数而舍弃NGS天然波动较大的区域；也没有通过探针浓度的人为调整，来控制不同区域的覆盖深度，以防止过多人为因素的引入对CNV分析产生不可预知的影响。


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图3. 不同全外显子组Panel对gDNA 文库的捕获中靶率覆盖深度和均一性比较。参考基因组hg38，按照 reads 数计算。测序平台：Illumina Novaseq 6000，PE150。


当结合中靶率、覆盖均一性和数据利用率综合评估，NEXome的80%的靶区域深度可达到11.3x/Gb（3.25x/M read pair）这一高效的数据利用率（图4）。


图4. 相同测序数据量下，不同全外显子组Panel在80% 靶区域可达到的覆盖深度。


优化的靶标区域


作为一款核心全外显子Panel，因参考最新基因注释数据库精心选取了靶标区域，再结合其优秀的杂交捕获表现，NEXome即使与靶区更大的同类型全外显子相比，也可以有效覆盖到更多有重要意义的变异位点，并且覆盖也更为均一（图5）。当然，NEXome也可以通过搭配补充模块，进一步实现对特定数据库的全部覆盖。



图5. NEXome Core Panel实际覆盖情况示例。


变异一致性


以泛肿瘤800 gDNA标准品（菁良，GW-OGTM800）测试整个靶区内的变异分析能力，NEXome表现优秀，所有变异在两个测序平台上均被检出，等位基因频率与参考值高度一致（图6）。


图6. NEXome Core Panel 捕获数据中变异频率与标准品频率的一致性。利用 NadPrep®文库构建系列试剂盒建库，以NEXome Core Panel 完成杂交捕获，Vardict 进行变异分析。


免费申请试用装活动


即日起至2021年11月31日，您可通过以下方式限时免费获取NEXome Core Panel, 2 rxn 试用装：


1、点击阅读原文，或扫描下方二维码，填写邮寄等相关信息；

2、联系纳昂达当地销售或邮件发送至sales@njnad.com。


关于纳昂达

纳昂达科技秉承“ Nano Trans More ”的核心理念和“靶向精准，用心服务诊断”的奋斗宗旨，致力于为科研院校、医疗机构、临检单位、产业公司、测序服务商等提供专业化和高质量的靶向测序产品与闭环解决方案。在今后的研究实践中，纳昂达依旧会聚焦靶向测序整体解决方案的开发，同领域专家及行业同仁一道推进肿瘤分子诊断技术不断进步。

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